Pomimo swojej popularności od czasu powstania, macierz BCG podlega również krytyce. Najczęściej podnoszone są następujące argumenty:
Nie bierze pod uwagę rynków niszowych
Macierz BCG zakłada, że na rozwiniętym rynku może z sukcesem działać tylko kilku głównych graczy, którzy podczas wzrostu rynku stworzyli na nim produkty w postaci „gwiazd", które następnie przekształcili w „dojne krowy". Macierz BCG sugeruje, że wszystkie inne podmioty będą miały na rozwiniętym rynku jedynie „psy" i powinni likwidować swoją działalność. Praktyka wskazuje jednak, że na wielu rynkach istnieją produkty niszowe mające często bardzo mały udział w danym rynku, natomiast przez swoją specyfikę dające radę osiągać satysfakcjonujące marże pomimo ograniczonego zakresu działalności.
Ma zastosowanie tylko do tradycyjnych rynków
Macierz BCG ma zastosowanie głównie do tradycyjnych rynków, na których występuje klasyczny model cyklu życia produktów (wzrost rynku, stabilizacja, kurczenie się). Rynki nowych technologii natomiast podlegają nieustannym zmianom wynikającym z pojawiania się nowych rozwiązań i pomysłów, które często zupełnie zmieniają konfigurację rynku. Krytycy twierdzą, że w takich przypadkach macierz BCG ma znacznie mniejsze zastosowanie.
Trudno zdefiniować rynek wzrostowy
Dużym problemem macierzy BCG jest określenie co rozumiane jest przez rynek wzrostowy. Najczęściej stosowanym kryterium jest poziom 10% rocznego wzrostu jako granica oddzielająca rynki rosnące szybko od tych rosnących wolno. Należy jednak zaznaczyć, że bardzo wiele rynków nie rośnie i nigdy nie rosło z taką prędkością, co wcale nie oznacza, że nie są to rynki rozwijające się i wzrostowe, na których nie ma miejsca dla nowych konkurentów.
Zakłada, że dojne krowy trzeba wydoić
Standardowe interpretacje macierzy BCG sugerują, że „dojne krowy" powinny być wykorzystywane głównie jako źródło przepływów pieniężnych na inwestycje w nowe „gwiazdy", podczas gdy w rzeczywistości często warto wykorzystywać część gotówki na obronę pozycji „dojnych krów" na ich rynkach, szczególnie w przypadku produktów których cykl życia jest bardzo długi. Szanse nowych marek i produktów na uzyskanie pozycji „dojnych krów" są z reguły bardzo ograniczone i zużywanie całych zasobów gotówki na ich rozwój może nie być sensowne. Często znacznie bardziej opłacalną strategią jest kierowanie funduszy na przedłużanie życia „dojnej krowy".